从理论上讲，保障措施与特别保障措施有相同之处，也有不同之处。中国入世议定书第16条中所指的特别保障措施与关贸总协定第19条和WTO《保障措施协议》所规定的一般保障措施相比，有几点明显的区别：
一、原则依据不同
《保障措施协议》第2.2条规定，保障措施应针对一正在进口的产品实施，而不考虑其来源。而据中国入世议定书第16条的规定，某一WTO成员可只对中国的进口产品提起特别保障调查。显然，这一原则构成了关贸总协定第19条和《保障措施协议》所遵循的非歧视性原则的一个例外。
二、条件不同
根据中国入世议定书第16条的规定，一WTO成员只需在我国产品对其生产同类产品或直接竞争产品的国内产业造成“市场扰乱”的情况下，即可针对中国进口产品提起特别保障调查。此处的“市场扰乱”应在下列情况下存在：一项产品的进口快速增长（无论是绝对增长还是相对增长），构成进口国国内生产同类产品或直接竞争产品的产业遭受实质损害或实质损害威胁的一个重要原因。
从美国轴承致动器特别保障措施案来看，美国调查机关即围绕中国轴承致动器的进口是否对美国相关产业造成实质损害展开调查。与一般保障措施的损害判定标准－－严重损害相比，显然特别保障措施的门槛低了许多。
三、实施期限不同
通常情况下，一般保障措施的实施期限不得超过4年，特殊情况下可以延期，但最长不得超过8年，发展中国家的实施期限则最长可为10年。中国入世议定书第16条对特别保障措施的实施期限则没有明确的限制性规定，惟一可以作为参考的是“一世贸组织成员只能在防止和补救市场扰乱所必需的时限内根据本条采取措施”这一弹性条款。在此需要注意的是，无论是特别保障措施，还是一般保障措施，其临时措施的期限均为“不得超过200天”。
四、措施的后果不同
在进口相对增长的情况下，对一般保障措施而言，受影响成员方可以及时针对实施该措施的世贸组织成员的贸易中止实施GATT1994项下实质相当的减让或义务；对特别保障措施而言，只有在该措施实施满2年以后，中国才有权针对实施该措施的世贸组织成员的贸易中止实施GATT1994项下实质相当的减让或义务。在进口绝对增长的情况下，一般保障措施与特别保障措施的措施后果则是一致的，即在该措施实施的前3年内不得针对实施该措施的世贸组织成员的贸易中止实施GATT1994项下实质相当的减让或义务。