按照世界贸易组织规则规定，贸易争端解决必须遵循以下原则：
1．多边原则
世界贸易组织各成员方在发生贸易争端时，采用多边贸易机制解决方式，由世界贸易组织的贸易争端解决机制解决。世界贸易组织成员方承诺，不针对其认为违反贸易规则的事件采取单边行动，要诉诸多边争端解决机制，并遵守其规则与贸易争端解决机制的最终裁决。
2．统一程序原则
世界贸易组织的争端解决机制规定成员方发生贸易争端时，要按照贸易争端解决机制所规定的统一的争端解决程序进行。即要经过磋商与调解、专家小组与上诉、裁决三个程序最终解决。凡是有关《建立世界贸易组织协定》、《货物贸易多边协定》、《服务贸易总协定》、《与贸易有关的知识产权协定》、《关于争端解决规则与程序的谅解》、《民用航空器贸易协议》、《政府采购协议》、《国际奶制品协议》、《国际牛肉协议》的争端，都适用于统一的程序。
3．协商解决争端原则
世界贸易组织成立的目的是建立一个完整的、更有活力的和持久的多边贸易体制，以促进世界贸易的发展，提高世界各国人民的生活水平。为了实现这个目的，世界贸易组织要求成员方发生贸易争端时，要寻求积极的解决办法。《争端解决规则与程序的谅解》规定，每个成员方对另一个成员方提出的，关于在其境内所采取的影响各有关协议实施的措施问题，应给予同情，并就此提供充分的磋商机会。
作为解决争端的最主要和最正常的基本方法，《争端解决规则与程序的谅解》规定磋商的程序是，当成员方一方有理由相信另一方违反了世贸组织附属协议规定的义务时，该成员方可以提请磋商。接到请求的成员方（双方同意的时间除外）应该自收到请求的10天内对对方的请求作出答复，并在收到请求后的30天内真诚地与对方磋商，以达成双方满意的解决方法。如果该成员方在收到请求之日起10天内未作出答复，或在收到请求后不超过30天或双方另外同意的期限内未进入磋商，请求磋商的成员方可以直接请求成立专家小组；如果在收到磋商请求后60天内，双方经磋商未能达成一致，则请求成员方可要求成立专家小组。
上述情况也有例外，即当情况紧急，包括涉及易腐食品，各成员方应该在收到该项请求后不超过10天内进行磋商，而且，如果在20天内达不成协议，则请求成员方即可以要求成立一个专家小组。此外，所有此类磋商请求应该由请求磋商成员方向争端解决机构及有关的理事会和委员会通报。
4．自愿调解与仲裁原则
按照传统国际法，调解是指将争端提交一个委员会或调解机构，在公正查明争端事实的基础上建议并提出适当的解决方法；斡旋是第三方以各种方式促成当事方进行谈判的行为；调停是以第三方的中立身份在当事方之间主持或参加谈判以促使双方接触或达成协议。无论是斡旋、调解还是调停，在世界贸易组织争端解决机制中，都必须在争端各方的同意下才能进行。斡旋、调解和调停可以在任何时候进行，也可以在任何时候终止，但涉及斡旋、调解和调停的各项程序，必须无损于任何一个当事方按照这些在任何进一步的诉讼程序中享有的权益。若在提出请求磋商的60天期限内已进入斡旋、调解和调停，则该起诉方必须允许从提出磋商要求之日起，在要求设立专家小组之前留出60天的期限。如果争端各当事方一致认为斡旋、调解和调停程序未能解决争端，则该起诉方可在60天内提出成立专家小组的请求。如果争端的各当事方同意，在专家小组进行工作的同时，斡旋、调解和调停程序仍然可以进行。总干事以其职务上的资格可进行斡旋、调解和调停，以协助各成员方解决争端。
仲裁程序也是建立在自愿的基础上，应该以双方达成一致的仲裁协议为基础。接受仲裁裁决的各当事方要受到仲裁裁决的约束。
5．授权救济原则
针对1947年关贸总协定争端解决机制裁决不执行的状况，世界贸易组织争端解决机制采取了授权救济原则，即如果世界贸易组织成员方的一方违反协议，给另一方造成了损失，或者阻碍了协议目标的实现，各方应该优先考虑争端当事方一致同意的与各协议相一致的解决办法。如果无法达成满意的结果，申诉方通过争端解决机制获得救济。其手段是：
（1）被诉方撤销与协议不符合的措施。
（2）补偿。
（3）中止减让或其他服务。在败诉方（被诉方）应该履行专家小组和上诉机构的建议和裁决的合理期限之后的20天内，仍然未达成令人满意的补偿办法，申诉方可以请求争端解决机制授权其中止适用对有关成员方进行的减让或其他义务。中止减让或其他义务主要采取“交叉报复”机制。
6．法定时限原则
世界贸易组织新的贸易争端解决机制不仅确立了争端解决的程序，而且严格具体地规定了各个程序执行的时间。在磋商阶段，一般情况下，接到磋商请求的争端另一方应该在收到请求的10天内，对该请求作出答复（双方同意的时间除外），并在收到请求后的30天内真诚地与对方磋商，以达成双方满意的解决方法；在专家小组阶段，专家小组必须在决定建立之后的30天内组成，贸易争端解决机制必须在专家小组提出报告之后的60天内通过报告。从专家小组的成立到向各成员方递交报告的期限不得超过9个月；在上诉复审阶段，按照一般的规则，从争端解决机构设立专家小组到争端解决机构通过专家小组报告或上诉机构的报告时间，如对专家小组报告没有提出上诉阶段，不应超过9个月。如有上诉阶段，最长不得超过12个月；在裁决阶段，原则上仲裁决定的合理期限应该是执行专家小组或上诉机构的建议的合理期限，不应超过自通过专家小组或上诉机构的报告后的15个月。另外，如果一方在时限内没有行使权利，程序将自动进入下一个阶段。世界贸易组织争端解决整个程序所需要的时间原则只有31个月，与原来关贸总协定贸易争端解决相比大大缩短了时间，提高了效率。
7．权利与义务平衡的原则
世界贸易组织的成员方既享受各有关协定规定的权利，又需要按协定的要求进相应的义务。如果一成员方认为按有关协定所获得的利益正在直接或间接地受到另一成员方所采取的措施损害时，世界贸易组织就应该迅速发挥作用，使各成员方的权利和义务保持适当的平衡。世界贸易组织争端解决机制提出的撤销与写意不一致的建议和补偿措施，以及授权中止该协议项下的减让和其他义务，目的都是为了求得成员方之间的权利和义务的平衡。
8．发展中国家的优惠待遇原则
在世界贸易组织争端解决机制中，凡涉及发展中国家的贸易争端都作了特殊的规定，主要是给予发展中国家以好处和优惠待遇。